મોરારિબાપુને હાલમાં જ તેમને કરેલા નિવેદન માટે પસ્તાવવાનો વારો આવ્યો છે. કોંગ્રેસના કાલાવાડના ધારાસભ્ય પ્રવીણ મુછડિયા સહિત અનેક લોકોએ તેમની પર આકરા પ્રહાર કર્યા છે. તેઓએ કહ્યું કે તેમનામાં સંતો જેવું દેખાતું નથી. નીલકંઠ મામલે નિવેદન આપીને મોરારીબાપુ બરાબરના ફસાયા હતા.
મોરારીબાપુના નીલકંઠના નિવેદનથી હાલમાં વિવાદ સર્જાયો છે. જેને લઈને મોરારી બાપુએ માફી પણ માંગી છે. નીલકંઠ અને નીલકંઠવર્ણીના નિવેદનને લઈને હાલમાં મોટો વિવાદ થયો છે. મોરારી બાપુએ પર્યુષણના અવસરે મુચ્છામી દુક્કડમ સાથે કહ્યું કે મારા નિવેદનથી કોઈની લાગણી દુભાઈ હોય તો હું માફી માંગું છું. સ્વામિનારાયણના સાધુ અને સંતોમાં મોરારી બાપુને લઈને નારાજગી જોવા મળી રહી છે. BAPSએ નિવેદન જાહેર કરી કહ્યું કે, મોરારી બાપુએ સનાતન હિન્દુ ધર્મની પરંપરાઓ, ભગવાન શ્રી સ્વામિનારાયણ કે સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય અને તેની પરંપરાઓનું અપમાન કરવાની એકેય તક જતી કરતાં નથી.
મોરારીબાપુએ આપેલા નિવેદનથી સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાયની લાગણી દુભાઇ હતી. નીલકંઠ મામલે મોરારીબાપુના નિવેદન બાદ સ્વામિનારાયણ સંસ્થાના અક્ષરવત્સલ સ્વામી બાદ હવે કાલાવડનાં કોંગ્રેસના ધારાસભ્ય પ્રવીણ મુછડીયાએ મોરારીબાપુ પર પ્રહારો કર્યા છે. સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય દ્વારા મોરારી બાપુના નિવેદનનો વિરોધ કરવામાં આવ્યો છે. BAPSના અક્ષરવત્સલ સ્વામીએ મોરારી બાપુના નિવેદનને વખોડ્યું છે. તેમણે કહ્યું છે કે મોરારી બાપુના નિવેદનથી ભક્તોની લાગણી દુભાઇ છે.
મોરારી બાપુના નિવેદન બાદ સ્વામીનારાયણ સંપ્રદાયમાંથી તેમનો સતત વિરોધ થઈ રહ્યો છે. કથાકાર મોરારી બાપુના નિવેદન બાદ વિવાદ થયો છે. આ વિવાદ પર કાલાવડના ધારાસભ્ય પ્રવિણ મુછડિયાએ પ્રતિક્રિયા આપતા પ્રહાર કર્યા છે. મોરારી બાપુના નિવેદનને પ્રવિણ મુછડિયાએ વખોડ્યું છે અને જણાવ્યુ છે કે, મોરારી બાપુ હમેશા વિવાદમાં રહ્યા છે. મોરારી બાપુએ નીલકંઠ અને નીલકંઠવર્ણી વિશે નિવેદન કર્યું હતું જેને લઈને વિવાદ સર્જાયો છે. મોરારીબાપુએ નીલકંઠનો અભિષેક એટલે શિવનો જ અભિષેક અને સંપ્રદાયના નીલકંઠને બનાવટી નીલકંઠ હોવાનું નિવેદન આપ્યું. જેને લઈને સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાયના સાધુ અને સંતોમાં નારાજગી વ્યાપી છે. સ્વામી નારાયણ સંપ્રદાયના સંતે નિવેદન આપતા મોરારીબાપુને મૂર્ખ કહ્યા અને દુ:ખ વ્યક્ત કર્યુ છે.